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對于高靈敏的PCR技術(shù)來說，少量的DNA污染就可導致PCR假像或假陽性。污染的DNA來自于氣溶膠中DNA 的片段。這些氣溶膠中的DNA可源自離心機、移液器和其它實驗室設(shè)備，或從PCR反應(yīng)管中飛濺出來。它們很難去除，并可能導致樣品之間的交叉污染。在擴增過程中檢測到的單個外源DNA分子，就可給整個實驗過程和結(jié)果詮釋帶來很多問題。不幸的是，即使是經(jīng)驗豐富的實驗室，DNA污染也會偶爾發(fā)生，并且只有當PCR檢測到時，才會引起注意。
值得指出的是，桌面和實驗室工作區(qū)，以及分子生物學實驗室中的設(shè)備（例如離心機，移液器，反應(yīng)管架等）等不同表面容易暴露于目的DNA和擴增DNA的污染中。在實驗前后，通過觸摸門把手，紙張，計算機鍵盤和鼠標，實驗室操作員也會無意間攜帶和擴散DNA污染，而不論他們是如何富有經(jīng)驗或怎樣謹慎。此外，某些PCR技術(shù)如qPCR兩步法或巢式PCR，在將DNA從一個PCR轉(zhuǎn)移到下一個PCR時，也增加了擴增產(chǎn)物污染的風險。
下面筆者提供一種DNA污染監(jiān)測的一種方法，即采用SwabUp™Lab Monitoring試劑盒，可追蹤分子生物學實驗室內(nèi)DNA污染的熱點區(qū)域，以便有效地消除它們并防止未來再發(fā)生。 實驗室和工作區(qū)域的定期清潔和監(jiān)控可以幫助及早發(fā)現(xiàn)和避免DNA污染。 SwabUp™Lab Monitoring試劑盒包含了用于樣品收集、DNA提取和PCR擴增的組件，是一套能勝任環(huán)境監(jiān)測的系統(tǒng)。
SwabUp™Lab Monitoring試劑盒非常容易使用。涂抹拭子裝在密封的塑料袋中。涂抹拭子的桿由塑料制成，頂端由植絨尼龍纖維制成，具有出色的吸附性能。拭子桿上有一個模制的斷點，方便收集樣品后拭子折斷并將其插入到含有【收集緩沖液】的Collection Buffer tube中。廣泛測試證實這種拭子非常有效。DNA提取系統(tǒng)經(jīng)過優(yōu)化，可有效檢測極小量的污染DNA。此外，在SwabUp™ Lab Monitoring Plus試劑盒中還包含無污染的即用型PCR系統(tǒng)，以排除交叉污染（因用戶自己的PCR試劑和緩沖液污染而導致）。
該方法簡單，包括以下一般步驟：（1）使用提供的拭子收集樣本，（2）DNA與純化柱的選擇性結(jié)合，（3）去除殘留的其他污染物和抑制劑，（4）純化DNA的洗脫，（5）使用凍干的SwabUp™DNAmp Mix進行PCR擴增。
應(yīng)從容易遭受DNA污染的暴露的表面和/或設(shè)備采集樣品，如離心機、移液管、反應(yīng)管架、門把手、實驗室書籍、計算機鍵盤、計算機鼠標、觸摸板，臺式機以及任何分子實驗室的工作區(qū)域。
應(yīng)使用拭子頭收集每個樣品，并充分擦拭每個不同的10×10厘米的表面。
DNA提取是必要的，可避開抑制PCR的物質(zhì)，如纖維、組織、灰塵或樣本中的高豐度蛋白。因此，在PCR進行前，應(yīng)先作DNA提取。該流程不需要酚/氯fang試劑，并且DNA提取和PCR體系制備需要的手動操作很少。DNA提取約30分鐘內(nèi)完成，并且建立PCR反應(yīng)體系只需幾分鐘，因為PCR預混液是即用型的。
操作流程一覽
附錄I為了監(jiān)督分子生物學實驗室清潔程序的效率，實驗室和環(huán)境監(jiān)測應(yīng)每三個月進行一次。
* DNA提取對照非必選，但我們建議設(shè)立該對照以驗證DNA提取流程。
**內(nèi)部對照非必選，它能用于驗證PCR的擴增。
2. 清除和防止DNA污染的措施
如果在實驗室中檢測到DNA污染，則應(yīng)按以下步驟進行：
1）如果在某個區(qū)域內(nèi)檢測到DNA污染，而該區(qū)域是常規(guī)清潔程序的一部分，那么應(yīng)立即使用含次氯酸鈉的表面清潔劑再次進行清潔（對于敏感的表面，應(yīng)尋求適當?shù)奶娲罚?/span>
2）對于常規(guī)清潔程序，您應(yīng)進行修改并采取措施以改進。
3）如果在某個區(qū)域內(nèi)檢測到DNA污染，而該區(qū)域不是常規(guī)清潔程序的一部分，那么您應(yīng)立即將此區(qū)域納入到實驗室常規(guī)清潔程序中，并通知所有的實驗室操作員并進行適當?shù)呐嘤枴?/span>
4）清潔后重復PCR擴增，直到不再檢測到污染為止。
5）確保您實驗室中的所有操作員都充分了解這些措施，并進行了相應(yīng)的培訓。
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